Porque tenho faturas emitidas com a mesma numeração?

São documentos de naturezas distintas (fatura e fatura-recibo), e cada tipo deve obedecer a uma ordem sequencial e cronológica própria. Ou seja:

• Fatura nomedasérie/1, nomedasérie/2, nomedasérie/3, e assim sucessivamente.
• Fatura-recibo nomedasérie/1, nomedasérie/2, nomedasérie/3, e assim sucessivamente.
• Nota de crédito nomedasérie/1, nomedasérie/2, nomedasérie/3, e assim sucessivamente.

Este é o comportamento correto e em conformidade com as regras da Autoridade Tributária Portuguesa.